犬
和人类一样，患有慢性支气管炎的狗也常常超重，但是在狗中，肥胖似乎不会影响气道功能、一氧化碳的扩散能力以及动脉血气变量。在狗呼吸急促的情况下，肥胖狗呼气时的气道阻力大于非肥胖的狗，且功能性残气量较低，但差异不显著。
在没有心脏或呼吸系统疾病证据的“瘦子老年狗”和“肥胖老年狗”中，肥胖老年狗的血液中氧的中位分压（80.8mmHg，范围：62.8——95.6mmHg）比正常狗（85.4mmHg，范围内：77.8——94.2mmHg)显著降低。肥胖狗的肺泡氧和动脉血氧的差异显著高于正常的狗，胸内脂肪沉积（IFD）肥胖的狗明显比“瘦子狗”更大。中度IFD的肥胖狗的动脉血氧明显较“瘦子狗”低，轻度IFD和中度IFD的动脉血氧分压（Pao2）明显高于“瘦子狗”。
在体重减轻的“超重狗”中，在体重减轻前后的静息动脉血氧饱和度没有差异，尽管与超重和正常体重的狗相比，根据脉搏血氧饱和度测定，肥胖狗的血氧饱和度较低，特别是在运动6分钟后。针对患有慢性呼吸道疾病的肥胖狗的研究也报告称，低氧血症也很常见。在平均减重12%之后，动脉血气参数和咳嗽气喘、呼吸噪声和运动耐受性的临床体征都有改善。
猫
猫支气管病是一种常见的下气道炎症性疾病。对患有自然支气管疾病的“肥胖猫”和正常体重的猫进行研究，使用气压全身体积描记术（一种无创肺功能测试）来评估它们的呼吸功能，试验显示肺功能参数与身体状况无差异。
另一项关于超重和正常体重猫的研究也显示，在呼吸参数方面没有显著差异，包括潮气量、呼气和吸气时间以及峰值压力、呼吸速率、潮末二氧化碳和动脉血氧分压（PaO2）的分压。正常体重猫的动脉血氧分压（PaO2）平均值（88.1mmHg）较“超重猫”的动脉血氧分压平均值（72mmHg）无显著性升高。相反，另一项关于肥胖和非肥胖猫的研究显示，肥胖猫每公斤体重的潮气量和分钟气量明显减少，每公斤体重的吸气和呼气流量峰值也减少。
关于哮喘
没有研究能够表明猫的哮喘和肥胖之间的关系，也没有任何研究显示肥胖猫和非肥胖猫的支气管收缩指数有显著增加。虽然肥胖狗可发展为嗜酸性支气管肺炎（EBP），这在人类与其他过敏性疾病类似，如哮喘，但犬嗜酸性支气管肺炎（EBP）不是哮喘，虽然支气管痉挛可能存在，但在嗜酸性支气管肺炎（EBP）中并不常见气道高反应性，与包括人类在内的其它家畜相比，犬类气道平滑肌的反应性较弱，但是反应性随肥胖而增强。
关于呼吸道感染
据人类医学报道，在肥胖人群中，甲型H1N1流感导致的疾病更严重，对流感疫苗的反应性也更低，术后患肺炎的风险更高。相反，肥胖可能可以防止肺炎导致的死亡，这可能是另一个版本的肥胖悖论，即低BMI导致更高的死亡率。脂肪因子在先天免疫和适应性免疫中起作用。脂联素通常在肥胖患者中减少，它在巨噬细胞摄取凋亡细胞中起作用，这是减少肺部炎症的关键反应。因此，脂联素的减少可能导致肺部炎症的增加。
还有人讨论了一些传染性疾病对肥胖的促进作用。据报道，犬瘟热病*感染幼犬的前期会导致幼犬肥胖（体重增加并不明显）。这被认为是由于病*感染的大脑，特别是下丘脑，可能导致瘦素抵抗和过量饮食。但是没有研究调查肥胖对狗和猫的呼吸道感染的影响或肥胖的传染原因的影响。
关于反复性气道阻塞和肥胖
阻塞性气道疾病与人类肥胖高度相关。在一些高度易患气道阻塞的短头犬中（例如：法牛、八哥犬等），肥胖可能也会导致这种疾病。肥胖会通过多种机制损害呼吸功能，导致肥胖犬的运动不耐受。患有阻塞性呼吸道疾病的肥胖狗在麻醉和减重过程中也很容易处于危险之中（窒息问题），因此应考虑选择外科手术进行气道的矫正。
脂肪因子也可能有助于阻塞性气道疾病的病理生理学，在阻塞性呼吸道疾病和肥胖症患者中，瘦素水平经常升高。瘦素抵抗，也发生在一些肥胖的人，被认为是造成疾病状态的原因。瘦素也在通气控制中发挥作用，可能导致阻塞性睡眠呼吸暂停通气不足（OSAS）。持续气道正压通气（CPAP）的使用降低了阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（OSAS）犬的瘦素水平，这与体重减轻无关，提示瘦素与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（OSAS）相关。脂联素水平的降低与肥胖无关。减少的幅度与综合征的严重程度相关。因为正压通气（CPAP）的使用与脂联素的后续增加无关，所以脂联素与OSAS的相关性可能与肥胖有关。
关于肥胖与犬、猫呼吸系统疾病的关系综述
虽然肥胖对犬猫的呼吸系统有害影响，但很少有流行病学研究的数据表明肥胖是狗和猫患呼吸系统疾病的危险因素。除了脂肪量对身体的影响，增加的炎症介质和肥胖对神经激素的影响也可能导致犬猫的心肺功能紊乱。肥胖悖论可能反映了超重患者增加的瘦组织和更少的营养不良风险，而不是额外脂肪的真正好处。减轻体重可以改善狗和猫的运动耐受力。阻塞性气道疾病是最容易认识到肥胖会增加疾病严重程度的疾病。